Alla Fondazione, Pasino Bagatti Valsecchi (Milano, 1901 – 1976), erede delle collezioni d’arte di famiglia, decise di donare le collezioni d’arte rinascimentale e i manufatti raccolti alla fine del XIX secolo da suo zio Fausto e dal padre Giuseppe. Parallelamente, il Palazzo fu alienato a Regione Lombardia con la clausola che gli allestimenti storici del piano nobile fossero conservati nella loro integrità così da preservare l’indissolubile legame tra “contenuto” e “contenitore”, che è tratto distintivo della vicenda collezionista Bagatti Valsecchi. L’apertura al pubblico del Museo Bagatti Valsecchi datata 22 novembre 1994 segna una tappa fondamentale nella vita della Fondazione.

Proprio tale desiderio costituiva infatti una delle spinte più forti alla costituzione della Fondazione; era infatti viva preoccupazione di Pasino e dei suoi eredi quella di mettere al riparo casa Bagatti Valsecchi e le sue collezioni dal rischio di dispersioni e smembramenti, che pressoché ogni successione comporta. Alla precisa volontà di conservare e custodire il frutto dell’operazione collezionistica dei propri antenati, si affiancava il desiderio di aprire al pubblico la casa di via Gesù, nella consapevolezza che essa rappresentasse uno straordinario esempio di collezionismo e di cultura di fine Ottocento, rendendolo un museo, godibile e visitabile dal pubblico.